In der Standardeinstellung von phpMyAdmin ist es nicht möglich Datenbanken mit sehr vielen (=einigen tausend) Tabellen zu verwalten. Das liegt vor allem an der großen Datenmenge, die von phpMyAdmin erzeugt werden muss:

1. die Tabellenliste im (linken) Navigationsbereich
2. die Übersicht mit den Datenbank-Tabelleneigenschaften im Hauptbereich

Der Navigationsbereich kann durch das Setzen folgender Konfigurationseinstellungen in config.inc.php verschlankt werden:
$cfg['LeftFrameLight'] = TRUE;
$cfg['LeftFrameDBTree']= FALSE;
$cfg['ShowTooltip'] = FALSE;
$cfg['ShowTooltipAliasDB'] = FALSE;
$cfg['ShowTooltipAliasTB'] = FALSE;
Dort kann auch gleich noch Folgendes eingetragen werden, um im Hauptbereich der Seite nach der Auswahl einer neuen Datenbank statt der überdimensionalen Übersicht mit Informationen zu allen Datenbank-Tabellen das Formular zur Eingabe eines SQL-Befehls angezeigt zu bekommen:
$cfg['DefaultTabDatabase'] = 'db_details.php';